課程資訊
課程名稱
次世代定序在分子生物學上的應用
Applications of NGS sequencing in Molecular Biology 
開課學期
111-1 
授課對象
生命科學院  分子與細胞生物學研究所  
授課教師
朱雪萍 
課號
MCB5037 
課程識別碼
B43 U1530 
班次
 
學分
2.0 
全/半年
半年 
必/選修
選修 
上課時間
星期三3,4(10:20~12:10) 
上課地點
生科419 
備註
需修過分子生物學。時間地點另定,開學向授課老師查詢。
總人數上限:25人 
 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

次世代定序的方法已廣泛應用在探討分子生物學上的分子機制,但數據龐大,必須使用的大數據分析方法,一般生物背景的研究生大都缺乏大數據分析的能力。此外,在探討分子生物學上的分子機制中,目前科學界,正加速開發各種新式的次世代定序備置方法已解決各式各樣的生物問題,例如:疾病遺傳學,表觀遺傳學,核糖核酸與蛋白質的交互作用,核糖核酸的結構與剪切,DNA變異等等的課題都可利用次世代定序的方式來研究。此課程目標以培養具備大數據資訊分析,使分子生物學背景的學生,能廣泛使用此方法,來解決分子生物性問題。 

課程目標
1 培育具有大數據分析能力兼分子生物專業的人才
2 增進跨領域學習與交流
3 專業領域的增進與提升創新能力 
課程要求
須修過分子生物學


 
預期每週課後學習時數
2~4 小時 
Office Hours
每週三 10:20~12:10 備註: 每週三 上午10-20-12-10 上課 上課地點為生命科學館 419電腦教室 
指定閱讀
待補 
參考書目
待補 
評量方式
(僅供參考)
   
針對學生困難提供學生調整方式
 
上課形式
以錄影輔助
作業繳交方式
書面報告取代口頭報告, 口頭報告取代書面報告, 個人報告取代團體報告, 團體報告取代個人報告
考試形式
書面(口頭)報告取代考試
其他
課程進度
週次
日期
單元主題
第1週
9/7  次世代定序在分子生物學上的應用簡介與原理
上課地點為 生科館 419電腦教室 
第2週
9/14  RNA-seq /ChIP-seq原理與應用工具
期末報告摘要範例 
第3週
9/21  1. 介紹Linux command & send jobs
2. 決定報告時間
3. 申請iService和國網主機帳號
 
第4週
9/28  請演講1-Linux 系統與國網使用--國網中心黃介瑋 於生科館419電腦教室上課 
第5週
10/5  1. 國網使用練習/Unix系統 送job實作練習: 下載SRA files
2. Sequence alignment ---(RNA-seq analysis 1) 
第6週
10/12  HTSeq-count 和 Differential expressed gene 分析 ---(RNA-seq analysis 2) 
第7週
10/19  邀請演講2--中研分生所 nanopore sequencing analysis
 
第8週
10/26  R 工具的應用與實作—heatmap, PCA, GSEA ---(RNA-seq analysis 3) 
第9週
11/2  網路資源應用: IGV, GO (DAVID genome), UCSC 
第10週
11/9  文獻討論1---學生報告NGS應用之技術
---繳交期末報告計畫摘要--- 
第11週
11/16  文獻討論2---學生報告NGS應用之技術
 
第12週
11/23  文獻討論3---學生報告NGS應用之技術
 
第13週
11/30  個案討論報告與實作 
第14週
12/7  個案討論報告與實作
 
第15週
12/14  個案討論報告與實作
 
第16週
12/21  個案討論報告與實作